Znak krzyża zajmował ważne miejsce w życiu Biedaczyny z Asyżu. Krzyż franciszkański to znak Tau. W Piśmie Świętym ten symbol ukazany jest jako ocalenie niewinnych. Ocalenie przychodziło, gdy kreślono literę Tau na czołach ludzi. Franciszek otaczał ten symbol szczególną czcią. Często mówił o nim w swoich przemówieniach, podpisywał tym znakiem listy. Znakiem Tau błogosławił ludzi, oznaczał nim również drzewa i zwierzęta, umieszczał go na rzeczach i budynkach. W 1215 r. obrał znak Tau jako symbol naśladowania Jezusa. Nawet swój habit miał w kształcie krzyża Tau. Do dzisiaj zachował się również mały kawałek materiału, na którym św. Franciszek napisał błogosławieństwo dla brata Leona – znak Tau przecina imię brata Leona. Brat Tomasz z Celano, uczeń św. Franciszka, napisał: „Ponad wszystkie inne znaki najbardziej miłym był Franciszkowi znak Tau”.

Chrystus przemówił z krzyża

Szczególnym miejscem w duchowości św. Franciszka jest kościół św. Damiana, gdzie w 1205 r. Biedaczyna z Asyżu na modlitwie usłyszał głos Pana Jezusa: „Franciszku, idź, napraw mój dom, który, jak widzisz, cały idzie w ruinę”. Pan Jezus przemówił do niego z krzyża. Brat Tomasz z Celano tak napisał o miłości św. Franciszka do Pana Jezusa Ukrzyżowanego: „Głośno płakał nad męką Chrystusa, jakby zawsze miał ją przed oczyma. (...). Nie zapomniał o roztaczaniu troski nad owym świętym wizerunkiem Ukrzyżowanego”.

Góra La Verna

Tę miłość Franciszka do Chrystusa Ukrzyżowanego potwierdził sam Jezus, obdarzając go stygmatami – śladami swojej męki. Wydarzyło się to 800 lat temu na górze La Verna (w Polsce nazywana Alwernią). To kolejne bardzo ważne miejsce dla św. Franciszka. Ostatni raz przybył on na tę górę w 1224 r. Chciał odbyć czterdziestodniowy post ku czci św. Michała Archanioła. I właśnie tam 14 września 1224 r. Chrystus objawił się mu i obdarzył go łaską stygmatów. Tak opisał to wydarzenie św. Bonawentura w Życiorysie mniejszym św. Franciszka: „Któregoś ranka, około święta Podwyższenia Krzyża Świętego, podczas modlitwy na zboczu góry, zobaczył jakby podobieństwo Serafina mającego sześć skrzydeł jaśniejszych, niż byłyby z ognia. Zstępował on z wysokości niebios; szybkim lotem przybył na to miejsce i zawisł w powietrzu bardzo blisko Bożego męża. Okazało się, że nie tylko ma skrzydła, ale także jest ukrzyżowany. Widząc to, Franciszek bardzo się zdziwił, a jego duszę przepełniły mieszane uczucia zarówno smutku, jak i radości. Przeżywał ogromną radość z zaszczytu, jakim było ukazanie mu się Chrystusa w tak pięknej i tak bliskiej mu postaci, ale na widok okrutnego przybicia do krzyża jego dusza została przeszyta mieczem współczującego bólu. Po tajemniczej i poufnej rozmowie znikająca wizja rozpaliła jego duszę wewnętrznym żarem serafickim, a na jego ciele wyraziła podobiznę znaków Ukrzyżowanego, jak gdyby była wyciśnięta na nim pieczęć mająca moc płonącego ognia. Natychmiast bowiem zaczęły pokazywać się na jego rękach i nogach ślady gwoździ, których główki widać było na wewnętrznej stronie rąk i na górnej stóp, zaś ich ostre końce na stronach przeciwnych. Również prawy bok był zraniony, jakby włócznią przebity, i często wypływała z niego święta krew; ranę zaś otaczał zabliźniony brzeg...”.